Зияткерлік мектептерде тәрбие жұмысының бірыңғай жүйесі құрылған.Тәрбие жұмысын ұйымдастырудағы принциптер, негізгі бағыттар мен негізгі тәсілдер айқындалады.

«Назарбаев Зияткерлік мектептері» ДББҰ-ның «2011-2020 жылдарға арналған даму стратегиясына» сәйкес Зияткерлік мектептердің тәрбие жұмысы жүйесі қазақстандық патриотизмді, азаматтық жауапкершілікті қалыптастыруға, өз алдына дербес, жоғары адамгершілікті, өз ісіне адал және қамқор тұлға тәрбиелеуге бағытталған.

Зияткерлік мектептердің тәрбие жұмысының негізгі міндеттері – оқушылардың бойында адамгершілік, жалпы адамзаттық және ұлттық құндылықтарды (ар-намыс, ізеттілік, әдептілік, сыйластық) түсіну мен қолдануды, өз  іс-әрекетіне жауапкершілікті, өмір туралы үнемі ой елегінен өткізуді, өз пікірлерін тыңдау және есепке алу және басқа адамдардың пікірімен байланысу қажеттілігі мен қабілеті бірінші орында.

Жергілікті қоғамдастықты жақсарту, оқушыларды әлеуметтік жобаларға тарту, оларды адамдарға, қазақ қоғамына және әлемге эмоционалды эмпатияға баулу. Академиялық оқу траекториясын дамыту және құру тәсілі ретінде оқушылардың зерттеушілік және шығармашылық белсенділігін дамыту.

Назарбаев Зияткерлік мектептерінің тәрбие жұмысының негізгі бағыттары:

патриоттық тәрбие;

интеллектуалдық даму;

адамгершілік тәрбиесі;

физикалық және психикалық даму;

көпмәдениетті дамыту;

көркемдік және эстетикалық даму;

көшбасшылық қасиеттерді дамыту.

Зияткерлік мектептердің тәрбиелік құндылықтары «Мәңгілік Ел» ұлттық идеясының 7 құндылығын көрсетеді. Сондықтан оқу-тәрбие жұмысын ұйымдастырудың басты ерекшелігі – құндылыққа бағытталған оқыту. Білім беру процесінің тұтастығы оқушыларды сыныпта да, сабақтан тыс уақытта да кең ауқымдағы құндылықтар мен дағдыларды қалыптастыру арқылы тәрбиелеуге құндылық-бағдарлы көзқарас арқылы жүзеге асырылады.

Адамгершілігі жоғары тұлғаны тәрбиелеу, ең алдымен, Кіріктірілген білім беру бағдарламасы мен оқу пәндерінің білім беру әлеуеті арқылы жүзеге асырылады. Біріктірілген білім беру бағдарламасы тұтас білім беру үдерісі принципіне негізделген білім беру компонентін күшейтті: достық, оқуға қолайлы, қолдаушы ортада білім беру.

Мұғалім ұзақ мерзімді, орта мерзімді, қысқа мерзімді оқу жоспарларында күтілетін оқу нәтижелеріне сәйкес құндылықтарды қалыптастыра отырып,

білім беру оқу мақсаттары арқылы оқуды қалыптастырады.

Зияткерлік мектептердегі оқу-тәрбие жұмысының келесі ерекшелігі – оқушылардың қосымша білім беру және сыныптан тыс жұмыстары арқылы әр түрлі бағыттағы оқушылардың білімдері мен дағдыларын кеңейту. Шығармашылық, физикалық және интеллектуалдық даму үшін студенттерге үйірмелер мен қызығушылықтары бойынша іс-шаралар (спорттық, көркемдік, интеллектуалдық, техникалық) ұсынылады. Сонымен қатар, жаратылыстану-математикалық бағыттағы үздік оқу және ғылыми ұйымдардың базасында республикада және шетелде бірқатар сыныптан тыс және таңдау курстары қарастырылған. Зияткерлік мектептердің тәрбие жұмысын жүзеге асыруда әлеуметтік жобалар мен тәжірибелер ерекше маңызға ие.

Зияткерлік мектептің барлық қызметкерлерін оқу-тәрбие процесіне тарту, мектеп пен ата-ананың ынтымақтастығы оқу-тәрбие жұмысының табысты болуының басты шарты болып табылады. Оқушылар «Шаңырақ» мектеп қоғамдастығы, «Туған елге тағзым», «Зияткерлік мектептердің оқушыларына оқуға ұсынылатын 100 кітап», «Ауылдағы 2 апта», «10» өлкетану-зерттеу экспедициялары арқылы жан-жақты дамуы мен шығармашылық әлеуетін жүзеге асырады. ата-ана кәсіпорындарындағы күндер», «TEDx», «Википедия», «Қызмет көрсету қоғамы», «Қазақ әндері», «Көшбасшылық сабақтары» т.б.